Ponieważ rodzaj zastosowania jest istotny dla doboru filtrów w następnej kolejności zajmiemy się przedstawieniem różnorodnych wymagań i możliwości. Ze względu na skutki, jakie mogą wystąpić z powodu zarażenia zbiorów infekcjami bakteryjnymi, bardzo istotną sprawą jest filtracja powietrza wlotowego w tunelach. W ten sposób może być zagwarantowany najwyższy poziom czystego powietrza podczas kiełkowania i preparacji dojrzałego kompostu. Ogólnie stosuje się filtry wysokosprawne, które chronione są przez filtry tańsze, o zgrubnej budowie. Aby zapobiec kontaminacji krzyżowej jest wymagana również filtracja powietrza odprowadzanego.

W zakładach zajmujących się hodowlą grzybów w wielu komorach są często instalowane centralne systemy napowietrzania. Taki system filtracji powietrza obejmuje filtr wstępny, do separacji zgrubnych pyłów i owadów, służący jednocześnie jako ochrona dla filtra wysokosprawnego, stanowiącego drugi stopień filtracji. Filtr dokładny, mający za zadanie wyłapanie z powietrza zarodników, bakterii pleśniowych i zarodków, musi być w stanie przepuścić duże ilości powietrza. Z tego względu zalecane są tutaj filtry kieszeniowe lub kompaktowe firmy AAF. Kontaminacji krzyżowej zapobiega system filtracji powietrza wylotowego.

W przypadku, gdy każda pojedyncza komora dysponuje własnym systemem doprowadzania powietrza, wymagane są oddzielne filtry. Zastosowanie znajdują tutaj łatwe w instalacji filtry w ramie kartonowej lub filtry kompaktowe. Aby zapobiec rozszerzaniu się chorób zaleca się używanie filtrów w ramie kartonowej z plisowanym medium filtracyjnym po stronie powietrza czystego. W dużych komorach z urządzeniami do recyrkulacji powietrza i napowietrzania stosuje się system z filtrami kompaktowymi tak jak w przypadku centralnego napowietrzania. Filtry kieszeniowe nie są wskazane w takich sytuacjach ze względu na ich małą stabilność w warunkach zmiennych prędkości napływowych powietrza lub wielokrotnego wyłączania wentylatora.